أفضل مكان حفظ الثوم هو البارد المظلم والمتجدد الهواء. أما إذا وضع الثوم في الثلاجة فسيبقى لفترة طويلة ولكن رائحته يمكن أن تؤثر على بقية الأطعمة وبخاصة الحليب والأطعمة المكشوفة في الثلاجة، وحتى لا تؤثر رائحته على باقي الأطعمة يمكنك أن تقشري فصوص الثوم واستعملي شوكة لإحداث ثقوب فيها أو تقطيعه إلى قطع صغيرة ثم ضعيها في زجاجة واملئيها بزيت الزيتون أو غيره من الزيوت وأحكمي إغلاقها وضعيها في الثلاجة وخذي منها كلما احتجت إليها وعندما تنقص كمية الزيت يمكنك إضافة المزيد منه ، كما يمكن استخدام الزيت الذي حفظ فيه الثوم لتتبيل السلطات حيث يكون قد اكتسب نكهة من الثوم. وليس من هناك ضرر من حفظه في الدرج المظلم في المطبخ في سلة مفتوحة وسيظل طازجا من أسبوع إلى شهرين تبعا لعمر الثوم عند شراء والدرجة الحرارة والرطوبة في المطبخ. وإذا وجت أن بعض فصوص الثوم التي تحتفظين بها قد نمت منها براعم خضراء فلا تلقي بها بل استخدميها كما تستخدمين البصل الأخضر. ولكن طول فترة الحفظ تتسبب في تحول وسط فصوص الثوم إلى الأخضر وانتشار الطعم المر فيه، ولذلك يجب التخلص من الفصوص التي فيها إخضرار.